En 1791, les neuf derniers moines se dispersent et l'abbaye est confisquée, mise à disposition de la nation et vendue aux enchères comme bien national. Peu scrupuleux, le 1er acquéreur, Madame Roux-Chatelard, s'empresse de dépecer le bâtiment moderne se justifiant auprès des autorités municipales de la ville d'Arles : "Le monastère de Mont Majour ressembloit plutôt à un palais qu'au modeste azile de gens voués à la pauvreté et à l'éloignement des pompes mondaines. L'opulence et l'orgueil monachal l'avoient élevé sur les biens destinés aux pauvres." (Aout 1791). Celle-ci étant insolvable, le bien est saisi et revendu à plusieurs reprises. En quelques années le monastère est réduit à l'état de ruine, dépouillé de ses charpentes, toitures, boiseries, rampes, cheminées, pierres. Ces dernières ont notamment servi pour la construction des quais du Rhône à Arles. Le monastère médiéval fut épargné, ses divers locaux ayant été reconvertis en bergerie, écuries ou fenils. Il faut attendre 1945 pour que Montmajour redevienne propriété de l'Etat.